Transcriptional regulation is an integral component of the way genotype is converted into phenotype. Many mutants that have emerged from genetic screens for developmentally important genes involve defects in transcriptional regulation (Wilkins 1993, 2002; Gilbert 2000). The four-winged fly that results from certain mutations in Ubx in Drosophila is perhaps the most famous: some mutations located in regulatory sequences affect the transcription profile, and others locating in exons alter the function of the protein in regulating the transcription of other genes (Bender et al. 1983; Simon et al. 1990). The phenotypic consequences of some Ubx promoter mutations are so distinct that they were originally thought to represent separate genes (Lewis 1978).
Enquanto a Drosophila for o melhor exemplo...
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/conte ... /20/9/1377
Gostaria do comentário do docdeoz
Re.: Gostaria do comentário do docdeoz
(HNT) ויאמר אלי אחד מן־הזקנים אל־תבכה הנה נצח האריה אשר הוא משבט Rev 5:5
http://www.rv.cnt.br/viewtopic.php?t=13986
http://rv.cnt.br/viewtopic.php?t=14653
http://www.rv.cnt.br/viewtopic.php?t=13986
http://rv.cnt.br/viewtopic.php?t=14653
Molecular Population Genetics and the Search for Adaptive Evolution in Plants
Stephen I. Wright*, and Brandon S. Gaut*
* Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Irvine; and Department of Biology, York University, Toronto, Canada
E-mail: bgaut@uci.edu.
Abstract
TOP
Abstract
Introduction
The Search for Selection:...
Ten Years of Data
Conclusions: The Future of...
Acknowledgements
References
The first papers on plant molecular population genetics were published approximately 10 years ago. Since that time, well over 50 additional studies of plant nucleotide polymorphism have been published, and many of these studies focused on detecting the signature of balancing or positive selection at a locus. In this review, we discuss some of the theoretical and statistical issues surrounding the detection of selection, with focus on plant populations, and we also summarize the empirical plant molecular population genetics literature. At face value, the literature suggests that a history of balancing or positive selection in plant genes is rampant. In two well-studied taxa (maize and Arabidopsis) over 20% of studied genes have been interpreted as containing the signature of selection. We argue that this is probably an overstatement of the prevalence of natural selection in plant genomes, for two reasons. First, demographic effects are difficult to incorporate and have generally not been well integrated into the plant population genetics literature. Second, the genes studied to date are not a random sample, so selected genes may be overrepresented. The next generation of studies in plant molecular population genetics requires additional sampling of local populations, explicit comparisons among loci, and improved theoretical methods to control for demography. Eventually, candidate loci should be confirmed by explicit consideration of phenotypic effects.
Key Words: Adaptive evolution • balancing selection • linkage disequilibrium
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/22/3/506
Are not a random??????????????

Stephen I. Wright*, and Brandon S. Gaut*
* Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Irvine; and Department of Biology, York University, Toronto, Canada
E-mail: bgaut@uci.edu.
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Introduction
The Search for Selection:...
Ten Years of Data
Conclusions: The Future of...
Acknowledgements
References
The first papers on plant molecular population genetics were published approximately 10 years ago. Since that time, well over 50 additional studies of plant nucleotide polymorphism have been published, and many of these studies focused on detecting the signature of balancing or positive selection at a locus. In this review, we discuss some of the theoretical and statistical issues surrounding the detection of selection, with focus on plant populations, and we also summarize the empirical plant molecular population genetics literature. At face value, the literature suggests that a history of balancing or positive selection in plant genes is rampant. In two well-studied taxa (maize and Arabidopsis) over 20% of studied genes have been interpreted as containing the signature of selection. We argue that this is probably an overstatement of the prevalence of natural selection in plant genomes, for two reasons. First, demographic effects are difficult to incorporate and have generally not been well integrated into the plant population genetics literature. Second, the genes studied to date are not a random sample, so selected genes may be overrepresented. The next generation of studies in plant molecular population genetics requires additional sampling of local populations, explicit comparisons among loci, and improved theoretical methods to control for demography. Eventually, candidate loci should be confirmed by explicit consideration of phenotypic effects.
Key Words: Adaptive evolution • balancing selection • linkage disequilibrium
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/22/3/506
Are not a random??????????????

(HNT) ויאמר אלי אחד מן־הזקנים אל־תבכה הנה נצח האריה אשר הוא משבט Rev 5:5
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Docdeoz, este artigo que voce citou não tem nada a ver com o assunto. Em minha área, a agronomia, ninguem que conheço põe em dúvida a existencia da evolução, transferencia de informação genética ou o aparecimento de novas espécies, simplesmente porque isto são fatos e ferramentas de uso prático dos pesquisadores.
Nas plantas, mutações cromossômicas envolvendo alterações do DNA como a especiação via poliploidia são um dos modos
predominantes de especiação simpátrica, e levam a mudanças em larga escala na regulação gênica e processos ontogenéticos, e a mudanças imediatas na morfologia, sistema de reprodução e tolerâncias ecológicas (OTTO & WHITTON, 2000).
Nos últimos dez a 15 anos, principalmente com o advento da biologia molecular, houve uma série de descobertas que revolucionaram o entendimento da origem e evolução dos poliplóides. A poliploidia, ou seja, a existência de mais de dois genomas no mesmo núcleo, é de ocorrência comum nas plantas, desempenhando um importante papel na origem e evolução de plantas silvestres e cultivadas, como o algodão (Gossypium hirsutum), café (Coffea arabica), cana de açúcar (Saccharum officinarum) e trigo (Triticum aestivum), que tem
variedades com 14, 28 ou 42 cromossomos, que correspondem a indivíduos haplóides, diplóides e triplóides, respectivamente.
Estes processos de poliplodização, além de serem eventos dinâmicos e recorrentes, são acompanhados de uma ampla reestruturação genômica, com alterações e mudanças ao nível gênico, incluindo evolução coordenada, silenciamento gênico, reestruturação cromossômica, eliminação de seqüências, ação de elementos transponíveis, efeitos de dose gênica, invasão intergenômica e efeitos epigenéticos, ação de transposons e novos padrões de expressão gênica.
A poliploidia pode ser natural, ou induzida com o uso de colchicina, óxido nitroso e outros antimitóticos, pela qual há uma tendência à homozigose, ou o processo também pode ser feito de modo sexual, através da seleção e cruzamentos de plantas com altas freqüências de gametas não reduzidos.
Como exemplo disto, temos o Triticale, um alopoliplóide de trigo e centeio, sendo uma espécie criada pelo homem.
Um exemplo de especiação natural, apoiado por análises moleculares, é o do alopoliplóide Spartina anglica, que surgiu na costa da Grã-Bretanha. Nesta região ocorria, em ambientes salobros, uma espécie nativa, S. maritima, com 2n=60 cromossomos. No início do século XIX uma espécie da América do Norte, S. alterniflora, com 2n=62 cromossomos, foi introduzida na região, provavelmente através de propágulos aderidos aos cascos de navios. Ocorreram cruzamentos entre as duas espécies, dando origem, por volta de 1870, a um híbrido estéril, S. townsendii (2n=61). Por poliploidização deste híbrido surgiu, em torno de 1880, S. anglica, espécie fértil com 2n=122 cromossomos, que rapidamente expandiu-se suplantando, e quase extingüindo, a espécie nativa.(AYRES & STRONG, 2001; BAUMEL et al., 2001).
Observa-se frequentemente haver fluxo gênico entre populações diplóides e poliplóides, e também entre poliplóides de diferentes origens, sendo os poliplóides altamente variáveis geneticamente. (RAMSEY & SCHEMSKE, 2002).
Há cada vez mais evidências demonstrando que uma ampla, e muitas vezes rápida, mudança genômica pode ocorrer após a formação dos poliplóides, em todos os níveis do genoma, do DNA ao cromossomo (LEITCH & BENNET, 1997; SOLTIS & SOLTIS, 1999).
A extensão e a rapidez da reestruturação genômica pode variar de planta para planta. Em Brassica, através da análise de poliplóides naturais e sintéticos, há evidência de mudança genômica rápida e ampla. Os alopoliplóides naturais mostram uma extensa reorganização quando comparados com seus progenitores diplóides, e grandes mudanças genômicas são verificadas já em poucas gerações de alopoliplóides sintéticos (SOLTIS & SOLTIS, 1999). Em alopoliplóides artificais de Arabidopsis, além de uma grande instabilidade fenotípica quanto à morfologia, época de florescimento e fertilidade, em comparação com diplóides cultivados no mesmo ambiente, ocorrem mudanças rápidas na regulação gênica, incluindo silenciamento (COMAI, 2000; COMAI et al., 2000).
Isto tudo são coisas reais, comprováveis e reprodutiveis. Se voce quiser, posso conseguir algumas dezenas de referencias e trabalhos nesta área...
Nas plantas, mutações cromossômicas envolvendo alterações do DNA como a especiação via poliploidia são um dos modos
predominantes de especiação simpátrica, e levam a mudanças em larga escala na regulação gênica e processos ontogenéticos, e a mudanças imediatas na morfologia, sistema de reprodução e tolerâncias ecológicas (OTTO & WHITTON, 2000).
Nos últimos dez a 15 anos, principalmente com o advento da biologia molecular, houve uma série de descobertas que revolucionaram o entendimento da origem e evolução dos poliplóides. A poliploidia, ou seja, a existência de mais de dois genomas no mesmo núcleo, é de ocorrência comum nas plantas, desempenhando um importante papel na origem e evolução de plantas silvestres e cultivadas, como o algodão (Gossypium hirsutum), café (Coffea arabica), cana de açúcar (Saccharum officinarum) e trigo (Triticum aestivum), que tem
variedades com 14, 28 ou 42 cromossomos, que correspondem a indivíduos haplóides, diplóides e triplóides, respectivamente.
Estes processos de poliplodização, além de serem eventos dinâmicos e recorrentes, são acompanhados de uma ampla reestruturação genômica, com alterações e mudanças ao nível gênico, incluindo evolução coordenada, silenciamento gênico, reestruturação cromossômica, eliminação de seqüências, ação de elementos transponíveis, efeitos de dose gênica, invasão intergenômica e efeitos epigenéticos, ação de transposons e novos padrões de expressão gênica.
A poliploidia pode ser natural, ou induzida com o uso de colchicina, óxido nitroso e outros antimitóticos, pela qual há uma tendência à homozigose, ou o processo também pode ser feito de modo sexual, através da seleção e cruzamentos de plantas com altas freqüências de gametas não reduzidos.
Como exemplo disto, temos o Triticale, um alopoliplóide de trigo e centeio, sendo uma espécie criada pelo homem.
Um exemplo de especiação natural, apoiado por análises moleculares, é o do alopoliplóide Spartina anglica, que surgiu na costa da Grã-Bretanha. Nesta região ocorria, em ambientes salobros, uma espécie nativa, S. maritima, com 2n=60 cromossomos. No início do século XIX uma espécie da América do Norte, S. alterniflora, com 2n=62 cromossomos, foi introduzida na região, provavelmente através de propágulos aderidos aos cascos de navios. Ocorreram cruzamentos entre as duas espécies, dando origem, por volta de 1870, a um híbrido estéril, S. townsendii (2n=61). Por poliploidização deste híbrido surgiu, em torno de 1880, S. anglica, espécie fértil com 2n=122 cromossomos, que rapidamente expandiu-se suplantando, e quase extingüindo, a espécie nativa.(AYRES & STRONG, 2001; BAUMEL et al., 2001).
Observa-se frequentemente haver fluxo gênico entre populações diplóides e poliplóides, e também entre poliplóides de diferentes origens, sendo os poliplóides altamente variáveis geneticamente. (RAMSEY & SCHEMSKE, 2002).
Há cada vez mais evidências demonstrando que uma ampla, e muitas vezes rápida, mudança genômica pode ocorrer após a formação dos poliplóides, em todos os níveis do genoma, do DNA ao cromossomo (LEITCH & BENNET, 1997; SOLTIS & SOLTIS, 1999).
A extensão e a rapidez da reestruturação genômica pode variar de planta para planta. Em Brassica, através da análise de poliplóides naturais e sintéticos, há evidência de mudança genômica rápida e ampla. Os alopoliplóides naturais mostram uma extensa reorganização quando comparados com seus progenitores diplóides, e grandes mudanças genômicas são verificadas já em poucas gerações de alopoliplóides sintéticos (SOLTIS & SOLTIS, 1999). Em alopoliplóides artificais de Arabidopsis, além de uma grande instabilidade fenotípica quanto à morfologia, época de florescimento e fertilidade, em comparação com diplóides cultivados no mesmo ambiente, ocorrem mudanças rápidas na regulação gênica, incluindo silenciamento (COMAI, 2000; COMAI et al., 2000).
Isto tudo são coisas reais, comprováveis e reprodutiveis. Se voce quiser, posso conseguir algumas dezenas de referencias e trabalhos nesta área...
Aqui estão alguns exemplos de espécies de plantas e microorganismos que surgiram recentemente:
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S01 ... ci_arttext
http://www.springerlink.com/content/hxnwnxvllw3kmb1j/
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/conte ... /99/6/1083
http://findarticles.com/p/articles/mi_q ... _n17183703
http://www.biomedcentral.com/1471-2148/7/28
http://www.springerlink.com/content/wkkm8bgrldlmbgk1/
Aqui tem 12 exemplos...
http://books.nap.edu/openbook.php?recor ... 6&page=294
Este é um link interessante sobre Evolução de plantas:
http://www.springerlink.com/content/104878/
Especiação em animais:
http://www.montana.edu/~wwwbi/staff/cre ... hybrid.pdf
Este é um livro muito bom sobre o assunto, embora meio antigo (1996~1997):
Natural Hybridization and Evolution - Michael L. Arnold
Alias, a procura no google por "natural hybridization" dará uma quantidade de resultados suficientes para manter qualquer um ocupado pelos proximos anos...
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S01 ... ci_arttext
http://www.springerlink.com/content/hxnwnxvllw3kmb1j/
http://aob.oxfordjournals.org/cgi/conte ... /99/6/1083
http://findarticles.com/p/articles/mi_q ... _n17183703
http://www.biomedcentral.com/1471-2148/7/28
http://www.springerlink.com/content/wkkm8bgrldlmbgk1/
Aqui tem 12 exemplos...
http://books.nap.edu/openbook.php?recor ... 6&page=294
Este é um link interessante sobre Evolução de plantas:
http://www.springerlink.com/content/104878/
Especiação em animais:
http://www.montana.edu/~wwwbi/staff/cre ... hybrid.pdf
Este é um livro muito bom sobre o assunto, embora meio antigo (1996~1997):
Natural Hybridization and Evolution - Michael L. Arnold
Alias, a procura no google por "natural hybridization" dará uma quantidade de resultados suficientes para manter qualquer um ocupado pelos proximos anos...